DNA合成儀就是用于和DNA或RNA結構類似的寡核苷酸合成的自動化儀器，通常用于固相合成法，每次在長的寡核苷酸鏈上接入一個核苷酸。加入每一個核苷酸均通過相同的化學反應和相應的嘌呤或嘧啶堿基衍生物作用。
以亞磷酰胺寡核苷酸合成為例，假如要使用DNA合成儀合成亞磷酰胺寡核苷酸，你就得按規范來：
1、首先對合成儀上所有試劑瓶中的試劑量認真檢查。
2、然后在合成儀上裝上標記好的干凈的收集瓶。在合成儀中輸入要合成的DNA序列。對選擇的合成步驟進行檢查。
3、選擇結束方法：儀器的原始狀態為TritylOffAuto，如果想要通過5，—DMT基團連接純化寡核苷酸，那么將其轉變為TritylOnAuto結束狀態。選擇結束方法通常是為系統的原始狀態。
4、將你所希望的保存名字輸入到每個柱監視器的Username下。每一個收集瓶相應的DNA序列標記用代碼代替。將每一個柱設置的詳細資料打印出來。對打印出來的資料進行檢查，判斷是否正確。
5、為了確保合成儀上合成柱處于正確的位置，運行StartColumn步驟對每一個柱的位置進行檢查。
6、對是否充滿連接在合成儀上的溶劑殘留(廢液瓶)進行檢查。
7、保證試管充分清潔干凈，保證DMT廢液管路通向分部收集器。
8、將循環啟動，運行開始程序對試劑管路進行清洗，將原來的試劑除去。
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