氨解儀在開啟和關閉過程中，會抽走腐蝕性反應氣體，確保實驗室人員的*安全。與樣品的反應發生在氣相的壓力和微波效應下。高氣相濃度會在幾分鐘內引起*均勻的反應。在系統中，所有操作參數均一直根據程序條件進行控制，并以圖形方式記錄和存儲以進行質量控制。在整個過程中，液體試劑以及氣相中的壓力和溫度是被控制的。這確保了樣品的完整、可重復和均勻反應，以便隨后分離出選擇性DNA序列。
氨解儀在進行氨解前的準備工作有這些：
1. 檢查純化所需材料及試劑是否充足。、
2. 活化C18板（柱） 向C18板加滿0.5M NaCl，抽干，重復平衡3次，再加滿分析純，抽干5次以上，后以洗脫速度離心。洗脫后再向C18板內加滿0.5M NaCl，抽干，重復3次，完畢再向C18板內加滿0.5M NaCl以待用。C18柱活化，首先用20ml分析純活化C18一次，吹干甲醇，然后用10ml NaCl平衡1次以待用。
3.制板灌膠 計算好預用分析板及電泳板數量以灌膠。膠液制作，每塊板需50ml左右的16%的膠（短鏈，16%；長鏈，12%），每塊板平均加入過硫酸銨100ul，TEMED 30ul(依情況而定，可適量增減)，搖晃，混勻，倒入板中，水平放置，使膠凝固。注意板中不能有氣泡，并注意補膠。
注意事項：所用C18板需定期進行維護與檢測。每一瓶新制膠使用之前需對膠跑Marker以保能正常使用。
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